本发明公开了一种抗氨氮斑节对虾种系筛选方法，包括以下步骤：（1）按照一定的雌雄比例将若干尾斑节对虾投入到养殖池中进行养殖，养殖过程中按照预定的调整周期对养殖池中的水体氨氮浓度进行波动调整，使斑节对虾在氨氮浓度随预定周期波动的水体中生长；（2）养殖过程中，按照预定的测量周期取出斑节对虾进行称重，每个测量周期称重后均按照预定比例选取个体重量最大斑节对虾重新放回养殖池；需要按照雌、雄斑节对虾分别进行称重；（3）交尾繁殖：如果到了斑节对虾成熟交尾时间则引导斑节对虾进行交尾再繁殖，然后将受精虾卵转移到其他养殖池中孵化，并按照步骤（1）和步骤（2）的过程进行下一代斑节对虾的养殖和筛选