本发明公开了一种耐盐碱凡纳滨对虾选育及制种方法，所述方法包括：构建凡纳滨对虾家系；在设定养殖盐度条件下养殖凡纳滨对虾，计算半致死碱度；建立耐碱遗传参数估计模型，确定碱度耐受性育种值；确定体重育种值；根据碱度耐受性育种值和体重育种值选取留种继续，根据留种家系进行苗种扩繁。采用本发明的方法，能够解决现有技术中凡纳滨对虾在盐碱水域养殖存在的生长速度慢、抗逆性下降和近交衰退等严重制约产业发展的问题。