世界野生物基金会（WWF）及其与国际自然保育联盟（IUCN）的附属组织野生物贸易研究委员会（TRAFFIC）指出，全球金枪鱼类种群面临崩溃的风险，是因为区域性渔业管理组织（RFMOs）对严重的过度捕捞事实未采取适当的保护措施。

根据WWF及TRAFFIC最新报告，东太平洋、印度洋、大西洋及中西太平洋的大目金枪鱼种群均遭到过度捕捞，其中东太平洋大目金枪鱼已过度捕捞，且其大目金枪鱼幼鱼逾60%，比例持续增加中。除非妥善管理实行必要措施，包括设定渔获限制、引进大目金枪鱼资源重建计划、暂停捕捞幼鱼及改善资料搜集等，否则大目金枪鱼将如同大西洋黑鳍金枪鱼及南方黑鳍金枪鱼一样成为另一濒危物种。TRAFFIC的全球海洋计划执行人Glenn Sant认为，捕捞未达成熟的幼鱼供应产值较低的金枪鱼罐头市场，将危及资源的可持续性，且日本生鱼片市场可取得的高价金枪鱼将减少。

WWF全球海洋计划组长Simon Cripps指出，过去十年科学家建议大幅降低大目金枪鱼捕获量，但经常在公海捕鱼的RFMOs成员国却迟迟不响应这一科学建议。大目金枪鱼群体崩溃对渔捞船队、加工及贸易业的经济冲击极大，WWF及TRAFFIC呼吁RFMOs会员国遵循科学委员会的建议，采取与其国际应尽义务一致的行动。

中西太平洋渔业委员会（WCPFC）的科学次委员会宣布，中西太平洋大目金枪鱼已遭过度捕捞，应减少25%-30%的捕捞努力量，然而WCPFC第4届委员会议在远洋渔业国的阻扰下，将降低25%大目金枪鱼渔获限额的议案延至下一会期。WWF对此表示沮丧，WWF南太平洋计划的渔业政策官员Seremaia Tuqiri认为，WCPFC错失了预防大目金过度捕捞的机会。

其次，减少黄鳍金枪鱼及大目金枪鱼幼鱼混获措施也闯关无效。发展中的太平洋小岛国愿降低其鲣鱼捕捞努力量，以减少黄鳍金枪鱼及大目金枪鱼幼鱼混获量，但远洋渔业国却阻止通过该措施。WWF美国分会资深计划官员马克史蒂文斯感慨表示，为确保金枪鱼渔业的长期发展，发中岛国都愿意作出牺牲，较富裕且拥有到千里外捕鱼船队的渔业国却无意做相同的贡献。

由于中西太平洋渔业委员会在关岛举行的2007年年会未能通过任何有效的预防性渔获削减措施，绿色和平组织呼吁全球水产品零售商与太平洋发展中国家合作拒买非永续性的金枪鱼产品。

绿色和平组织太平洋小组负责人Nilesh Gounder指出，中西太平洋渔业委员会科学次委员会建议削减25%的大目金枪鱼渔获量及10%的黄鳍金枪鱼渔获量，然而由于日本、韩国等的反对，无法达成进一步管理的共识。对此，该组织相当失望，并认为太平洋岛国应团结采取更强硬的立场，以确保金枪鱼资源能获得更佳的养护与管理。

巴布亚新几内亚及库克群岛于中西太平洋渔业委员会2007年会要求，将金枪鱼产卵场的太平洋三大公海区域划为海洋保护区。尽管该项提案未获通过，但却作为议案供持续讨论。