为提高珠海市斗门区渔业现代化水平，加快渔业产业化进程，促进科技成果转化与推广应用，维持渔业经济的全面、协调和可持续发展，广东省珠海市斗门区政府与南海所本着“真诚合作、优势互补、共同发展”的原则，建立了长期合作关系，并于2008年11月6日签署了“广东省珠海市斗门区人民政府—中国水产科学研究院南海水产研究所科技合作协议书”。

在今后的科技合作中，珠海市斗门区政府将根据珠海市斗门区渔业经济和渔业科技发展的实际需要，聘请南海所若干知名专家为珠海市斗门区渔业发展和渔业科技顾问；支持南海所将先进的渔业科技成果在珠海市斗门区推广转化；鼓励该所与珠海市斗门区渔业技术推广部门和企业开展科技合作，并积极争取将合作项目纳入珠海市农业科技成果转化与推广计划予以支持；以优惠政策鼓励南海所的科技成果持有者以领办、参股及技术入股形式在珠海市斗门区与企业进行合作，提升珠海市斗门区渔业企业的科技水平。

南海所将发挥科技和人才优势，帮助珠海市斗门区提高水产科技队伍水平，定期或不定期开设渔业新技术培训班，为珠海市斗门区培养渔业科技骨干及团队；鼓励相关专家或课题组与珠海市斗门区推广、生产等企事业单位合作开展课题研究或联合申报珠海市、广东省及国家级科研课题；定期进行合作交流，总结合作交流情况，商定有关合作事宜等。