东海所长期致力于长江口经济鱼类和底栖生物的生态修复工程，东海所渔业环境与水产品加工实验室陈亚瞿研究员长期致力于长江口水生生态系统修复研究，并取得实效。

在陈亚瞿研究员的努力下，2001年至2008年，交通部长江口航道管理局委托东海所在长江口开展了5项水生生态系统修复工程；2001年6月，增殖放流中华鲟幼鱼3080尾；2002年3月，进行底栖生物试验性增殖放流；2004年3月，进行底栖生物群落式增殖放流，同年12月，增殖放流2.5万只中华绒螯蟹成蟹；2008年11月25日，试验性增殖放流鱼类39万尾。

一系列的放流活动，对促进长江口生态修复和渔业资源增殖、保护生物多样性产生了积极作用。