根据中华人民共和国农业部公告（第1376号），长江所经审批获得承担鉴定《国家重点保护野生动物名录》、《国家重点保护野生植物名录（第一批）》及《〈濒危野生动植物种国际贸易公约〉附录》中的两栖类、鱼类的资格。

长江所作为以长江流域为研究重点的国家级淡水渔业综合性研究机构，长期致力于长江生态环境和渔业资源保护的研究，在淡水生物多样性保护等方面具有明显的研究优势，呈现自身特色，尤其在长江珍稀、特有鱼类保护和保存技术研究方面具备长期工作积累，获得多项成果，在国内外上享有良好的声誉。《中国水产科学研究院中长期发展规划（2009—2020）》中也明确长江所“突出在濒危种物保护、保存、开发，水利工程对渔业资源、环境影响及对策等方面研究优势，打造成国家长江生态与生物多样性科学中心”的发展目标。

获得鉴定两类濒危水生野生动植物资格后，长江所将会更好地发挥自身优势特色，为保护生态和谐作出更大的贡献。