据武汉大学中国科学评价研究中心“关于第二届中国学术期刊评价结果” 的通知，中国水产科学研究院南海水产研究所主办的《南方水产》在第二届中国学术期刊评价中被评为 RCCSE中国核心学术期刊（扩展版）。这是《南方水产》继2008年入选中国科技核心期刊后又一次入选国内主流的核心期刊。

中国科学评价研究中心《中国学术期刊评价研究报告（2011-2012）》对6400种学术期刊进行了评价，公布了65个学科期刊排行榜，其中进入核心区（包括扩展版）的期刊有1926种，占学术期刊总数的30.1%。水产类有8种期刊入选核心区（1种权威期刊，4种核心期刊，3种扩展核心期刊），在水产类排行榜中，《南方水产》在全国26种同类期刊中排名第6，比上次排名位次25名上升了19位，列扩展核心期刊（A-）的首位，显示出较高质量和较强的学术影响力。

近年来《南方水产》紧密围绕服务于我国水产科研和学科建设，突出期刊的地方特色和专业优势，各项办刊评价指标连年上升。入选RCCSE中国核心学术期刊，标志着《南方水产》在不断发展壮大的过程中又迈出了重要的一步，其质量的提高得到了国内业内人士更广泛的认同。