《2016年版中国科技期刊引证报告（核心版）》于2016年10月12日在北京正式发布。中国水产科学研究院共有6种期刊进入核心数据库，分别是《中国水产科学》《渔业科学进展》《淡水渔业》《海洋渔业》《南方水产科学》和《渔业现代化》。

在水产类期刊中，综合评价总分排名《中国水产科学》位列第2位，《南方水产科学》《渔业科学进展》《海洋渔业》《淡水渔业》《渔业现代化》分别列于第4位、第7位、第9位、第10位、第12位；核心总被引频次排名《中国水产科学》居第2位，《渔业科学进展》《淡水渔业》《南方水产科学》《海洋渔业》《渔业现代化》分别列于第4名、第8位、第9位、第10位、第12名；期刊核心影响因子《南方水产科学》居第1位，《中国水产科学》《海洋渔业》《渔业科学进展》《淡水渔业》《渔业现代化》分别列于第3位、第4位、第6位、第7位、第10位。全院核心期刊总数较2015年增加1种，总体办刊质量有了显著提升。