近日，中国水产科学研究院长江水产研究所曾令兵研究员团队和中国科学院水生生物研究所聂品研究员团队在大鲵转录组方面的研究取得重要进展，合作研究论文“Transcriptomic analysis of the host response to an iridovirus infection in Chinese giant salamander, Andrias davidianus”于11月20日在Veterinary Research (《兽医研究》)在线发表。长江所范玉顶博士、水生所昌鸣先博士为论文共同第一作者，聂品研究员和曾令兵研究员为论文共同通讯作者。《兽医研究》是国际知名兽医学期刊，在同类期刊中其JCR排名在前5%。

大鲵（俗称娃娃鱼），是3亿年前与恐龙同一时代生存并延续下来的濒危珍稀物种，也是世界上现存最大的两栖动物，为我国所特有、被列为国家二级保护野生动物。由于大鲵具有很高的营养、药用、观赏及科研价值，近年来大鲵人工繁育与养殖业发展迅速，但同时病害问题也日渐突出，尤其是由大鲵虹彩病毒（Giant salamander iridovirus，GSIV）引起的传染性病毒病对大鲵养殖业带来了严重的经济损失。该病流行范围广，死亡率高，危害严重。目前关于大鲵虹彩病毒病的研究已经取得了一定进展，但由于Genebank数据库中关于大鲵基因组的信息非常有限，这在一定程度上严重阻碍了科研人员在该病毒性病原的致病机理、病毒与宿主互作、以及宿主先天性免疫系统在抵抗病毒感染中的作用等方面的研究。

研究团队以GSIV感染大鲵幼鱼为材料，采用Illumina高通量测序技术对病毒感染大鲵及健康大鲵的脾脏组织进行了转录组测序、组装及分析，获得了一批重要的与机体免疫、病毒感染相关的大鲵基因组信息资源。该研究总共获得了123440个isogenes，在已组装的ESTs（expressed sequence tags）中，38,106个(64.6%) isogenes 与已知基因同源。研究人员从健康及病毒感染大鲵脾脏转录组中共获得了30678个SSR分子标记（simple sequence repeats）。另外，从健康大鲵和病毒感染大鲵的脾脏转录组中分别获得了26355个、36070个SNPs（single nucleotide polymorphisms）。比较转录组分析结果表明，虹彩病毒感染后，293个基因在大鲵体内表达下调，220个基因表达上调。

该研究不仅首次揭示了虹彩病毒感染前后大鲵转录组基因表达差异，还获得了大量新的与病毒感染相关的特异EST序列和SNP位点，为深入研究病毒的致病机理、病毒与宿主互作以及两栖类动物先天性免疫防御系统抗病毒感染机制奠定了重要基础。

研究论文全文下载地址：http://www.veterinaryresearch.org/content/pdf/s13567-015-0279-8.pdf